体育军训部是浙江农林大学体育、军事教育的职能部门。

学生进校后依据自己的能力和兴趣，自主选择体育课程、体育老师。目前开设有篮球、排球、足球、乒乓球、羽毛球、网球、健美操、武术、跆拳道、国标舞、定向运动、野外生活生存、健身健美、轮滑、体育保健等课程供学生选择。另外，体育军训部还承担了学生军训、学生的体质测试工作，负责对每位学生在校期间的体质变化进行跟踪调查，并及时反馈，培养和提高学生的健康意识。

学校具有良好的体育文化氛围，每年定期举行全校性篮球、排球、足球比赛以及校运动会。